检测染色质开放性
分析每个细胞全基因组范围内数千个独特的开放染色质片段。
单细胞分辨率
超越群体的平均数信息，获得单个细胞核的表观基因组图谱。
灵活且可扩展
每张芯片可分析数百个至数千个细胞核。
简化的数据分析
通过易用的软件探索和查看染色质开放性图谱。
为期一天的实验室流程
在一天之内完成从样品到可测序文库的过程。
兼容不同的样本
经验证适用于细胞系、原代细胞以及新鲜和冷冻组织样本。
探索您的应用
定义细胞类型和细胞状态
鉴定主要的调控因子
探索顺式调控元件，如启动子和增强子
描绘基因调控网络
经过验证的结果
经过验证的结果
文献
搜索数百篇采用Chromium单细胞ATAC的同行评审文献
Single-cell multiomic analysis identifies regulatory programs in mixed-phenotype acute leukemia
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Nature Biotechnology, 2019, Jeffrey M Granja, et al.
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Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion
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Nature Biotechnology, 2018, Ansuman T Satpathy, et al.
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Hic1 Defines Quiescent Mesenchymal Progenitor Subpopulations with Distinct Functions and Fates in Skeletal Muscle Regeneration
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Cell Stem Cell. 2019, R Wilder Scott, et al.
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Rapid Generation of Somatic Mouse Mosaics with Locus-Specific, Stably Integrated Transgenic Elements
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Cell. 2019, Gi Bum Kim, et al.
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资源
查找有关Chromium单细胞ATAC的最新应用指南及其他文档
Deciphering Epigenetic Regulation with Single Cell ATAC-Seq
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Application Note, 10x Genomics
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Single Cell ATAC-Seq for Characterization of Complex Biological Systems
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Application Note, 10x Genomics
Application Note, 10x Genomics
完整的解决方案
Chromium单细胞ATAC试剂
利用我们试剂盒内的转座酶检测开放染色质区域，并生成可立即测序的NGS文库。
世界级的技术支持和客户支持
您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。
工作流程
- 2
文库构建
利用我们的试剂盒和Chromium Controller构建带有10x条形码的单细胞ATAC-seq文库。首先对细胞核进行大规模转座，然后利用Chromium Controller将带有10x条形码的凝胶珠封装起来。在每个纳升级的液滴中，转座后的DNA片段带有10x条形码标记，而每个条形码序列代表一个独特的细胞。
资源 - 3
- 4
数据分析
我们的Cell Ranger ATAC分析软件会为每个细胞生成开放的染色质图谱，识别具有相似图谱和检出峰的细胞簇，并可以汇总来自多个样本的数据。
分析流程输出
输出内容包括质量控制信息和文件，这些都可以在我们的Loupe可视化软件或第三方的R工具或Python工具中轻松地进行进一步分析。
资源 - 5
数据可视化
利用我们的Loupe Browser可视化软件，您可以交互式地探索实验结果，研究目的基因的表达模式，确定细胞类型，并开展细胞簇和样本之间的比较分析。
只有生物信息专家才能使用吗？
Loupe是点选式软件，任何人都可以轻松下载和使用。
资源
常见问题
它能够以单细胞分辨率分析开放染色质景观。
可以，需要使用第三方工具。如果想了解更多信息，请观看我们的在线研讨会。
需要以细胞核悬液作为起始。您可以从新鲜和冻存细胞、新鲜组织和冷冻组织中获得高质量的细胞核悬液。此分析已针对人类和小鼠样品进行优化，也可能适用于其他物种。
来自细胞系的大量细胞ATAC-seq和单细胞ATAC-seq的比较结果表明，单细胞ATAC-seq回收的峰占大量细胞ATAC-seq的90%以上。单细胞ATAC-seq还具有从特定细胞类型的水平查看染色质图谱的分辨率。
ATAC-seq能够捕获所有的开放染色质区域，而不仅仅是那些与特定因子结合的区域。这是一种无偏的方法，能够寻找样本内的表观遗传变化。对于具有已知序列结合基序的蛋白质，附带的软件可以逐个细胞地识别在开放染色质中富集的那些基序。
