Resources:
超高パラメーター
数百種類の細胞表面エピトープによってプロテオミックスの発見を拡大
細胞単位のマルチオミックス
mRNAと細胞表面タンパク質をTCR/Ig配列、抗原特異性と同時にプロファイリング
シームレスなワークフロー
スペクトル重複とパラメーターの制限なしにフローサイトメトリーと似た染色手順
迅速な作業時間
最短1日でシーケンシング可能なライブラリーに細胞を染色
効率的なデータ解析
使いやすいソフトウェアにより複数のデータタイプを探索し視覚化
多様なサンプルとの互換性
PBMC、新鮮細胞株、凍結細胞株、分散組織で実証
さらなる可能性を探る
複雑な細胞サブタイプの表現型解析
新しい細胞タイプと機能の発見
新しいバイオマーカーの発見
抗原特異的T細胞のスクリーニング
実績のある結果
実績のある結果
ビデオ
論文
数百にもわたる論文からChromiumシングルセル遺伝子発現を使った結果を検索できます。
A pan-cancer blueprint of the heterogeneous tumor microenvironment revealed by single-cell profiling
A pan-cancer blueprint of the heterogeneous tumor microenvironment revealed by single-cell profiling
Cell Research. Junbin Qian et al., 2020.
Cell Research. Junbin Qian et al., 2020.
Broad immune activation underlies shared set point signatures for vaccine responsiveness in healthy individuals and disease activity in patients with lupus
Broad immune activation underlies shared set point signatures for vaccine responsiveness in healthy individuals and disease activity in patients with lupus
Nature Medicine. Yuri Kotliarov et al., 2020.
Nature Medicine. Yuri Kotliarov et al., 2020.
Single-cell multiomic analysis identifies regulatory programs in mixed-phenotype acute leukemia
Single-cell multiomic analysis identifies regulatory programs in mixed-phenotype acute leukemia
Nature Biotechnology. Jeffrey M Granja et al., 2019
Nature Biotechnology. Jeffrey M Granja et al., 2019
リソース
Improving Single Cell Characterization with Simultaneous Gene Expression and Cell Surface Protein Measurements at Scale
Improving Single Cell Characterization with Simultaneous Gene Expression and Cell Surface Protein Measurements at Scale
Application Note, 10x Genomics
Application Note, 10x Genomics
Characterization of the Tumor Microenvironment
Characterization of the Tumor Microenvironment
Application Note, 10x Genomics
Application Note, 10x Genomics
エンドツーエンドのソリューション
Chromium シングルセル試薬
試薬キットを使用して、mRNA、細胞表面タンパク質、完全長のBCRおよびTCR配列ペア、抗原受容体特異性を含むシングルセルの包括的な多次元データを取得
グローバルな技術・カスタマーサポート
専門サポートチームがメールと電話で対応
必要な製品
シングルセル免疫プロファイリング
- Chromium Next GEM Single Cell 5′ Library and Gel Bead Kit v2 (1000265, 4 rxns | 1000263, 16 rxns)
- Chromium Next GEM Single Cell 5’ HT Kit v2 (1000374, 8 rxns | 1000356, 48 rxns)
- Chromium 5′ Feature Barcode Kit (1000256, 16 rxns)
- Chromium Next GEM Chip K Single Cell Kit (1000287, 16 rxns | 1000286, 48 rxns)
- Dual Index Kit TN Set A (1000250, 96 rxns – Protein Libraries)
- Dual Index Kit TT Set A (1000215, 96 rxns – Gene Expression Libraries)
- Targeted Gene Expression
- 10x Compatible BioLegend Total-Seq™–C antibodies
- 10x Compatible BioLegend TotalSeq™–C Human Universal Cocktail, V1.0
- 10x Compatible Abcam 5’ Feature Barcode Antibody Conjugation Kit - Lightning-Link®
シングルセル遺伝子発現
- Chromium Next GEM Single Cell 3' Kit v3.1 (1000269, 4 rxns | 1000268, 16 rxns)
- Chromium Next GEM Single Cell 3’ HT Kit v3.1 (1000370, 8 rxns | 1000348, 48 rxns)
- Chromium 3’ Feature Barcode Kit (1000276, 16 rxns)
- Chromium Next GEM Chip G Single Cell Kit (1000127, 16rxns | 1000120, 48 rxns)
- Dual Index Kit NT Set A (1000242, 96 rxns – Protein Libraries)
- Dual Index Kit TT Set A (1000215, 96 rxns – Gene Expression Libraries)
- Targeted Gene Expression
- 10x Compatible BioLegend TotalSeq™–B antibodies
ワークフロー
- 1
サンプルの準備
ユニークなオリゴヌクレオチドバーコードが付加した TotalSeq™-B/C 抗体で細胞を標識します。また同時にフローサイトメトリー用の抗体で染色することで、関心のある細胞集団を濃縮することもできます。細胞を洗浄したら、10xライブラリー構築に進みます。
リソース - 2
10xライブラリーの構築
試薬キットとChromium Controller装置を使用して、10xバーコードを付加したライブラリーを構築します。Chromium Controllerは、各細胞を10xバーコード化されたゲルビーズで単一のパーティションに分画化します。ナノリットル単位で分画された液滴内部では、細胞は逆転写によりmRNAと細胞表面タンパク質の両方のcDNAを作成します。1つの細胞から作成されたcDNAには、共通の10xバーコードが付加されています。
リソース- ユーザーガイド / 免疫プロファイリングのプロトコール
HTユーザーガイド / 免疫プロファイリングのプロトコール - 近日公開
- ユーザーガイド / シングルセル遺伝子発現のプロトコール
HTユーザーガイド / シングルセル遺伝子発現のプロトコール - 近日公開
- 3
シーケンス
10xバーコードが付加されたライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。数千個にもわたるそれぞれの細胞から、細胞プロファイリングを実施します。
リソース - 4
データ解析
シーケンス生データから生物学的に意味のある情報に変換するには、Cell Rangerを使います。Cell Rangerは遺伝子発現と細胞表面タンパク質ライブラリーのデータを処理します。
解析パイプライン出力
出力にはQCの情報およびファイルが作成され、10xのLoupe視覚化ソフトウェア、サードパーティツールで使用できます。
リソース - 5
データの視覚化
Loupe Browser 視覚化ソフトウェアを使用して、遺伝子発現や細胞表面タンパク質に細胞タイプを定義し比較できます。
バイオインフォマティシャンが必要ですか?
Loupeは、誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。
リソース
よくある質問
フローサイトメトリーでは、固有のスペクトルの重複により測定できるタンパク質の数が限られています。Feature Barcodeテクノロジーは蛍光補正を必要とせずに数百個のパラメータを測定することができます。フローサイトメトリーで得られた蛍光強度の分布と、Feature Barcodeの信号から得たUMIカウントをそれぞれ比較したところ、2つの技術によって生成された細胞分布プロファイルは非常に一致していることがわかりました。マルチオミックスサイトメトリーを使用すると、各細胞について、遺伝子発現、T/B細胞のTCR/Ig配列、抗原特異性情報を重ね合わせることができ、細胞の同一性、状態、および機能を正確に特徴化することができます。
抗体にカスタムでオリゴを付加することで10x Genomics ワークフローを使用することができます。BioLegendのカスタムサービスやAbcamのカスタム結合キットを使用して、オリゴ付き抗体の入手、作製ができます。
特定の集団や希少な細胞タイプの濃縮に興味がある場合は、10x Genomics ライブラリー調製の前に細胞をソーティングできます。細胞は、フロー抗体と一緒にオリゴ結合抗体で染色できます。
細胞表面タンパク質の解析は、遺伝子発現や免疫プロファイリング解析なしでも行えます。細胞が染色されると、細胞はcDNA分子がバーコード化されたGEMに分割されます。得られたcDNAは、細胞表面タンパク質ライブラリーを生成するために使用されます。
10x Genomicsは、Cell Ranger、Loupe Browser、Loupe V(D)J Browserを含む解析および視覚化ソフトウェアを提供しています。Cell Rangerは、各細胞の遺伝子および/またはタンパク質に基づいた発現プロファイルを自動的に生成し、細胞のクラスタを識別する解析パイプラインです。その結果は、10xのインターアクティブな視覚化ソフトウェアであるLoupe BrowserとLoupe V(D)J Browserにて解析することができます。