Visium空間的遺伝子発現  免疫蛍光のリリースにより、Visiumの解析および視覚化ソフトウェアは免疫染色されたサンプルから最大6種の蛍光シグナルを一度に表示できるようになりました。10x GenomicsではVisium空間的遺伝子発現  免疫蛍光のワークフローを使用して、4種の蛍光シグナルの検出を検証し、最大3種の抗体とDAPIについてサポートしています。検出できるタンパク質の最大数は、最終的には実験デザインとイメージングシステムの構成によって決まります。

はい。標準的なIFとVisiumで使用されるIFプロトコールでは重要な違いがいくつかあります。詳細についてはIF実証済みプロトコールをご参照ください。

Visiumアッセイは感度が高いため、Visiumの性能への影響は組織ごとに異なります。しかし、遺伝子発現の空間的な構成や細胞クラスターの検出はH&EとIFで同程度です。

VisiumはmRNAを含む新鮮な凍結組織と互換性があります。現在のところ、Visium空間的遺伝子発現は固定サンプルタイプには対応していません。しかし、将来的には可能になるように積極的に取り組んでいます。

テストに成功した組織は こちらから.

10x Genomicsでは、Space RangerとLoupe Browserというデータ解析に役立つ2種類のソフトウェアを用意しています。Space Rangerは、組織画像上に空間的な遺伝子発現情報を自動的に重ね合わせ、スポット単位で転写プロファイルの類似性からクラスターを識別する解析ソフトウェアです。その後、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使い、結果をインタラクティブに探索することができます。Space RangerとLoupe Browserは、10xサポートサイトから無償でダウンロードできます。