Resources:
拡張性のある抗原スクリーニング
1回の反応で最大数万個のT細胞およびB細胞の抗原スクリーニング
実用的な知見
抗原特異性と同時に機能的な免疫受容体の配列をわずか数日で取得
サンプル種類の柔軟性
磁気ビーズやフローソーターを使用したサンプル濃縮法に対応
互換性のある製品パートナー
既製品やカスタム製品について互換性のある製品パートナーの専門知識を活用
単一の統合されたワークフロー
新規TCRや抗体発見に細胞から抗原特異的受容体配列までのワークフロー
効率的なデータ解析
クロノタイプ、レパトア多様性、クローン増大などを探索・視覚化
さらなる可能性を探る
大規模なB細胞受容体マッピング
T細胞レパトア特異性のさらに理解
抗原に対する免疫応答の包括的な特徴付け
抗原特異性の解析を容易にスケールアップ
実績のある結果
実績のある結果
論文
10x Genomicsの製品を使った数百にもわたる免疫関連の論文から検索できます。
High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity
High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity
Cell, 2019, Ian Setliff et al.
Cell, 2019, Ian Setliff et al.
Massively Parallel Single-Cell B-Cell Receptor Sequencing Enables Rapid Discovery of Diverse Antigen-Reactive Antibodies
Massively Parallel Single-Cell B-Cell Receptor Sequencing Enables Rapid Discovery of Diverse Antigen-Reactive Antibodies
Communications Biology, 2019, Leonard D. Goldstein et al.
Communications Biology, 2019, Leonard D. Goldstein et al.
Human Thymopoiesis Selects Unconventional CD8+ α/β T Cells That Respond to Multiple Viruses
Human Thymopoiesis Selects Unconventional CD8+ α/β T Cells That Respond to Multiple Viruses
bioRxiv, 2020, Valentin Quiniou et al.
bioRxiv, 2020, Valentin Quiniou et al.
リソース
最新アプリケーションノートや製品資料をご覧ください。
A New Way of Exploring Immunity—Linking Highly Multiplexed Antigen Recognition to Immune Repertoire and Phenotype
A New Way of Exploring Immunity—Linking Highly Multiplexed Antigen Recognition to Immune Repertoire and Phenotype
Application Note, 10x Genomics
Application Note, 10x Genomics
Redefining Cellular Phenotyping: Comprehensive Characterization and Resolution of the Antigen-Specific T Cell Response
Redefining Cellular Phenotyping: Comprehensive Characterization and Resolution of the Antigen-Specific T Cell Response
Application Note, 10x Genomics
Application Note, 10x Genomics
エンドツーエンドのソリューション
Chromium シングルセル免疫プロファイリング試薬
5' mRNA、完全長対のBCRおよびTCR配列、抗原受容体特異性、細胞表面タンパク質などを含む多次元的なアプローチで適応免疫を探索できる試薬キット
グローバルな技術・カスタマーサポート
専門サポートチームがメールと電話で対応
必要製品
シングルセル免疫受容体マッピングは以下の 10x Genomics 製品で可能です:
- Chromium Next GEM Single Cell 5' Kit v2
1000265, 4 rxns | 1000263, 16 rxns)
- Chromium Next GEM Single Cell 5’ HT Kit v2
(1000374, 8 rxns | 1000356, 48 rxns)
- Chromium Next GEM Chip K Single Cell Kit
(1000287, 16 rxns | 1000286, 48 rxns)
- Library Construction Kit
(1000190 | 16 rxns)
- Dual Index Kit TT Set A
(1000215 | 96 rxns) - Gene Expression and/or Immune Repertoire Profiling Libraries
- 5' Feature Barcode Kit
(1000256 | 16 rxns)
- Dual Index Kit TN Set A
(1000250 | 96 rxns) - Feature Barcode Libraries
- Chromium Single Cell Human TCR Amplification Kit
(1000252 | 16 rxns)
- Chromium Single Cell Human BCR Amplification Kit
(1000253 | 16 rxns)
- Chromium Single Cell Mouse TCR Amplification Kit
(1000254 | 16 rxns)
- Chromium Single Cell Mouse BCR Amplification Kit
(1000255 | 16 rxns)
- Targeted Gene Expression
ワークフロー
- 1
サンプルの準備
固有のオリゴヌクレオチドバーコードと結合した抗原またはpMHCマルチマーで細胞を標識します。抗原特異的細胞の予想される割合に応じて、フローまたは磁気のソーティングにより細胞集団を濃縮できます。濃縮後、サンプルは直接10x Genomics のChromium GEMでキャプチャーします。単離した腫瘍細胞、細針吸引、TIL、PBMCなどのサンプルが細胞懸濁液として使用可能です。
リソース - 2
10xライブラリーの構築
試薬キットとChromium Controller装置を使用して、10xバーコードを付加したライブラリーを構築します。Chromium Controllerでは、10xバーコードがついたゲルビーズを加えてそれぞれの細胞を分画化します。ナノリットル単位で分画された液滴内部では、細胞は逆転写によりcDNAを作成します。1つの細胞から作成されたcDNAには、共通の10xバーコードが付加されています。
リソース- ユーザーガイド/プロトコール 免疫プロファイリング
HTユーザーガイド/プロトコール 免疫プロファイリング - 近日公開
- 3
シーケンス
10xバーコードが付加されたライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。数千個にもわたるそれぞれの細胞から、免疫および転写プロファイリングを実施します。
リソース - 4
データ解析
シーケンス生データから生物学的に意味のある情報に変換するには、Cell Rangerを使います。Cell Rangerは遺伝子発現、ペアの免疫受容体レパトア配列、細胞表面タンパク質、そして抗原特異性のデータを処理します。
解析パイプライン出力
出力にはQCの情報およびファイルが作成され、10xのLoupe視覚化ソフトウェア、サードパーティのR、Pythonツールで使用できます。
リソース - 5
データの視覚化
Loupe Browser とLoupe V(D)J Browser ソフトウェアを使用し、マーカーの違いを元に細胞型を定義していきます。
バイオインフォマティシャンが必要ですか?
Loupeは、誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。
リソース
よくある質問
10x Genomicsは、ImmudexのdCODE Dextramer®試薬を使用してT細胞の抗原特異性を決定するための完全にサポートされたワークフローを提供しています。このワークフローでは、シングルセルレベルで目的のエピトープに結合するペアの受容体を同定することができます。Vanderbiltによって最近報告された技術は、B細胞抗原特異性を決定するために使用することができます(Ian Setliffら、High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity. Cell, doi: 10.1016/j.cell.2019.11.003)
抗原特異性のデータは、ハイスループット抗体探索、ワクチンデザイン、ネオアンチゲン同定、高分解能免疫プロファイリングなど、幅広い種類のアッセイに使用できます。
ほとんどのマルチマーアッセイは蛍光ベースのアッセイで、マルチマー分子に蛍光マーカーのタグを付けて抗原特異的な細胞の選別に使用します。このような手法では、細胞集団における抗原特異的な細胞数について情報を得ることができます。シングルセル免疫プロファイリングは、これらの情報に加えて、抗原特異的受容体の完全長ペア配列や、シングルセルレベルでの遺伝子発現データを得ることができます。これらのデータを組み合わせることで、免疫応答の完全なプロファイルが得られます。
抗原特異的な集団は稀であるため、10x Genomicsライブラリーの調製前に抗原陽性細胞のソーティングを推奨します。最終的には実験の目的に依存します。
抗原特異性染色のために細胞を標識する方法については、デモンストレーションプロトコールを参照してください。その他のリソースは、Immudexのウェブサイトを参照ください。