組織学的な空間情報を全トランスクリプトームまたはターゲット遺伝子発現と統合し、空間的トランスクリプトーム解析を行うことができます。ターゲットパネルには、がん、免疫、遺伝子シグネチャーパネルがあります。

VisiumはmRNAを含む新鮮な凍結組織と互換性があります。現在のところ、Visium空間的遺伝子発現は固定サンプルタイプには対応していません。しかし、将来的には可能になるように積極的に取り組んでいます。社内でテスト済みの組織のリストは以下の通りです。

VisiumはSpatial Transcriptomics社の技術をベースにしており、多くの査読済み論文で実証されています。これらは10x Genomicsの論文ページでご覧いただけます。Visiumの外部検証としては、Sanger、SciLife、Broad、USC、Garvanなどの評価サイトが多数の異なるサンプルタイプから空間的遺伝子発現プロファイルを実施できています。社内では、30以上の異なる組織のテストに成功しています。

10x Genomicsでは、Space RangerとLoupe Browserというデータ解析に役立つ2種類のソフトウェアを用意しています。Space Rangerは、組織画像上に空間的な遺伝子発現情報を自動的に重ね合わせ、スポット単位で転写プロファイルの類似性からクラスターを識別する解析ソフトウェアです。その後、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使い、結果をインタラクティブに探索することができます。Space RangerとLoupe Browserは、10xサポートサイトから無償でダウンロードできます。

FFPE組織用の Visium空間的遺伝子発現実験は、組織の最適化を必要としません。しかし、新鮮凍結組織用のVisium空間的遺伝子発現実験は、FFPE用とは異なる化学的・分子生物学的な手法を使うため、組織の最適化が必要です。